Integram a estrutura orgânico-administrativa da Secretaria de Estado da Casa Civil, as secretarias especiais e suas competências:

Compete à Secretaria Especial do Gabinete do Governador – SEGAB:

I – a adoção das providências e iniciativas do expediente de trabalho do Governador; II – a recepção, triagem, o estudo e o encaminhamento dos expedientes a ele enviados; III – a transmissão e o controle da execução das ordens dele emanadas; IV – o cerimonial público e quaisquer outras missões ou atividades por ele determinadas; V – a proposição da agenda pública e política do Governador do Estado, além da agenda administrativa, da coordenação de audiências governamentais e da participação do Governador do Estado em eventos; VI – a administração, a manutenção e o controle da ordem dos Palácios de Governo e da residência oficial do Governador do Estado; VII – outras atividades necessárias ao cumprimento de suas finalidades, nos termos das respectivas normas legais e/ou regulamentares.

Compete à Secretaria Especial de Governo – SEGOV:

I – a realização do controle prévio das proposições legislativas de iniciativa do Chefe do Poder Executivo Estadual; II – o assessoramento nas áreas administrativa e parlamentar; III – a análise técnica dos projetos de lei oriundos da Assembleia Legislativa, em concurso com a PGE; IV – a promoção, a elaboração e o controle de atos oficiais; V – a análise do mérito, da oportunidade e da compatibilidade das propostas, inclusive das matérias em tramitação na Assembleia Legislativa, com as diretrizes governamentais; VI – a supervisão da produção normativa do Governo do Estado; VII – a manutenção, na página oficial do Governo do Estado na internet, da base de dados da legislação estadual; VIII – a supervisão das atividades de imprensa oficial; IX – outras atividades necessárias ao cumprimento de suas finalidades, nos termos das respectivas normas legais e/ou regulamentares.

Parágrafo único. Ao Gabinete Militar – GM, a que se refere o § 2º do art. 5º desta Lei, compete:

I – o comando da Guarda dos Palácios de Governo; II – a segurança pessoal e assistência, direta e imediata, no desempenho de suas atribuições, ao Governador do Estado e ao Vice-Governador do Estado, inclusive no que concerne ao preparo, à instrução e tramitação de processos referentes a esta competência; III – a recepção de autoridades militares que se dirijam ao Governador do Estado; IV – outras atividades necessárias ao cumprimento de suas finalidades, nos termos das respectivas normas legais e/ou regulamentares.

Compete à Secretaria Especial da Comunicação Social – SECOM:

I – a assistência ao Governo do Estado nas áreas de programação, de promoção e de realização das atividades de publicidade governamental; II – a organização, a execução e o acompanhamento da política governamental relativa ao desempenho, à expansão e ao desenvolvimento das atividades ligadas à comunicação social do Governo do Estado; III – o assessoramento especial de imprensa e divulgação; IV – a atuação como órgão central do Sistema de Comunicação Social do Poder Executivo, compreendendo a coordenação e a articulação da política de comunicação social e institucional do Governo do Estado; V – outras atividades necessárias ao cumprimento de suas finalidades, nos termos das respectivas normas legais e/ou regulamentares.

Compete à Secretaria Especial de Representação de Sergipe em Brasília – SERESE:

I – o planejamento, a coordenação, a organização e o controle das atividades de interesse do Estado de Sergipe junto aos órgãos e entidades da administração pública federal; II – o apoio logístico ao Governador do Estado, aos Secretários de Estado, aos dirigentes e aos técnicos de órgãos e de entidades da administração pública estadual, durante atividades oficiais em Brasília; III – o acompanhamento de projetos, de convênios, de contratos e de outros assuntos de interesse do Governo junto à União, entidades, organizações, representações estrangeiras e organismos internacionais; IV – o apoio na articulação com os setores públicos e privados, nacionais e internacionais na captação de recursos e atração de investimentos destinados ao crescimento socioeconômico do Estado; V – a prestação de assistência aos prefeitos, senadores e deputados da bancada sergipana, no tocante a assuntos relacionados ao Estado de Sergipe; VI – outras atividades necessárias ao cumprimento de suas finalidades, nos termos das respectivas normas legais e/ou regulamentares.

Compete à Secretaria Especial de Planejamento, Orçamento e Inovação – SEPLAN:

I – a coordenação da gestão estratégica do Governo do Estado, a promoção do desenvolvimento e o aperfeiçoamento do modelo de gestão e governança para resultados;
II – a atuação como órgão central do Sistema de Planejamento e Orçamento do Poder Executivo, incluindo o planejamento estratégico e a coordenação da ação governamental, mediante a elaboração, o acompanhamento ativo, o controle e o balanço de políticas, planos, programas e projetos governamentais e o gerenciamento da Rede de Planejamento e Orçamento;
III – a coordenação do processo de Planejamento Global de Longo Prazo do Estado de Sergipe – Sergipe 2050;
IV – a promoção do estudo, as análises de cenários e tendências, e a análise de viabilidade e de riscos das diretrizes e ações governamentais, visando o suporte técnico-político da tomada de decisão pelo Chefe do Poder Executivo;
V – a avaliação da ação governamental e dos resultados da gestão e acompanhamento do Quadro de Metas e do Painel de Indicadores e o desenvolvimento e disseminação de estudos e metodologias de avaliação das Políticas Públicas;
VI – a elaboração, o acompanhamento, a revisão e a avaliação dos planos plurianuais (PPA), e do orçamento geral do Estado (LOA), ajustando-as aos objetivos e metas do Planejamento Estratégico e da política de desenvolvimento estadual;
VII – o acompanhamento da elaboração da Lei de Diretrizes Orçamentárias (LDO), junto com seus anexos e relatórios fiscais, bem como a construção das metas e prioridades da Administração Pública Estadual;
VIII – o acompanhamento, o controle e a avaliação da execução orçamentária dos órgãos e entidades da Administração Pública Estadual e a compatibilização dos orçamentos anuais das Entidades da Administração Indireta com o planejamento governamental;
IX – o apoio à Secretaria de Estado da Fazenda na formulação das diretrizes e na coordenação da política de captação de recursos, com ênfase na relação com organismos multilaterais, agências nacionais e internacionais de financiamento;
X – o planejamento, a orientação e a coordenação do fluxo para execução orçamentária das transferências do Executivo Federal e das Emendas Parlamentares Federais e Estaduais;
XI – a elaboração de pesquisas e estudos, e a coordenação de um sistema estadual de dados, informações e conhecimentos econômicos, sociais, estatísticos, demográficos, geográficos e cartográficos para fortalecimento das Políticas Públicas e da cidadania, por meio do acesso à informação sobre Sergipe;
XII – a atuação como órgão central do Sistema de Inovação e Tecnologia da Informação do Governo do Estado, compreendendo a coordenação e o monitoramento da política de inovação, de tecnologia da informação e comunicação e de segurança da informação da Administração Pública Estadual; 
XIII – a formulação de diretrizes e a edição da estratégia de Transformação Digital, de simplificação de serviços públicos e a oferta de plataformas e serviços compartilhados de tecnologia da informação da Administração Pública Estadual;
XIV – o fomento à inovação na administração pública e na gestão de políticas públicas, bem como às ações para a criação de ambientes que promovam a inovação;
XV – o apoio aos órgãos e às entidades da Administração Pública Estadual no planejamento, contratação e gestão de tecnologia da informação; a supervisão, a orientação e a normatização das ações de aquisição e de gestão de contratos relativos a produtos e
serviços de tecnologia da informação no âmbito da Administração Pública Estadual; 
XVI – o desenvolvimento, em sinergia com a Secretaria de Estado do Desenvolvimento Econômico e da Ciência e Tecnologia – SEDETEC e demais órgãos estaduais envolvidos, de ações voltadas para o fomento à inovação, com vista ao desenvolvimento econômico e social estadual;
XVII – a articulação e o apoio, em sinergia com demais órgãos estaduais envolvidos e com o setor produtivo, na definição de políticas de fomento à cultura inovadora, economia solidária, pesquisa tecnológica e o empreendedorismo, sujeito ao disposto na Lei Complementar (Federal) nº 101, de 4 de maio de 2000 (Lei de Responsabilidade Fiscal);
XVIII – a coordenação da descentralização das ações governamentais, de planejamento, de desenvolvimento e de acompanhamento das políticas regionais, transversais e intersetoriais que visem ao desenvolvimento territorial,
econômico e social do Estado de Sergipe;
XIX – a coordenação das ações administrativas integradas relativas à governança plena, ao planejamento, à organização e à execução de funções públicas de interesse comum das regiões metropolitanas e aglomerações urbanas,
coordenando os respectivos planos, programas ou projetos voltados a estes territórios;
XX – outras atividades necessárias ao cumprimento de suas finalidades, nos termos das respectivas normas legais e/ou regulamentares.

Compete à Secretaria Especial de Articulação com os Municípios - SEAM:
I – a coordenação, a integração e a articulação do relacionamento e suporte aos municípios, aos prefeitos e aos vereadores;
II – a assistência aos Municípios quanto à integração e adesão às políticas regionais;
III – a assistência aos Municípios quanto à articulação intermunicipal, quanto a seu desenvolvimento e integração;
IV - outras atividades necessárias ao cumprimento de suas finalidades, nos termos das respectivas normas legais e/ou regulamentares.